Dinas Perhubungan Kulon Progo dibentuk pada tahun 2006 seiring dengan diberlakukannya otonomi daerah di Kabupaten Kulon Progo, sebagai instansi teknis yang bertanggung jawab merumuskan dan melaksanakan kebijakan perhubungan di wilayah tersebut. Sejak awal berdirinya, Dinas ini fokus memperkuat infrastruktur jalan desa dan jalan kabupaten, menyempurnakan pelayanan angkutan penyeberangan di pesisir selatan, serta mengembangkan pelabuhan sungai di wilayah Wates. Pada 2012, berkat koordinasi dengan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kementerian Perhubungan, Dinas Perhubungan Kulon Progo meluncurkan program modernisasi sistem manajemen lalu lintas dan pengujian kendaraan bermotor. Di dekade berikutnya, Dinas terus berinovasi dengan menghadirkan layanan perizinan online, unit pengawasan transportasi terpadu, serta pelatihan keselamatan bagi pengemudi angkutan umum, sehingga secara bertahap meningkatkan kelancaran arus orang dan barang serta menopang pertumbuhan pariwisata dan ekonomi lokal.